Ограничение в 1 млн рублей в год — это только на внесение? т.е. без учета возможного доп. дохода?

Все верно. Ограничения по ИИС касаются суммы и валюты пополнения счета: на счет можно вносить только рубли — до 1 млн. в течение календарного года (с 01 января по 31 декабря).