При ребалансировке портфеля на брокерском счёте, если мы продаем часть активов, которыми владели менее трёх лет, значит ЛДВ в этом случае не применяется и мы платим налог?

Совершенно верно! Именно поэтому предпочтительный способ ребалансировки (по крайней мере, на начальном этапе инвестирования) - докупка просевших активов без продажи выросших в цене.