У меня трое детей, подоходный налог работодатель платит меньше чем 13% (вычет на детей)? Это имеет значение для инвестиционного вычета?

Если вы получаете вычеты на детей (а так же любые иные вычеты), то соответственно у вас налоговая база меньше на сумму этих полученных вычетов. Говоря простыми словами, вы не можете получить назад больше, чем уплатили в виде налога на доход.